Protein–RNA interactions for Protein: Q99801

NKX3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-1Q99801 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX3-1Q99801 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NKX3-1Q99801 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX3-1Q99801 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NKX3-1Q99801 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NKX3-1Q99801 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NKX3-1Q99801 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms