Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ZNF540Q8NDQ6 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF540Q8NDQ6 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZNF540Q8NDQ6 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ZNF540Q8NDQ6 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF540Q8NDQ6 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF540Q8NDQ6 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF540Q8NDQ6 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms