Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SKA3Q8IX90 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SKA3Q8IX90 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SKA3Q8IX90 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA3Q8IX90 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA3Q8IX90 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA3Q8IX90 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms