Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM40Q6P9F5 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM40Q6P9F5 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM40Q6P9F5 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TRIM40Q6P9F5 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM40Q6P9F5 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.9 ms