Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIM2P55344 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIM2P55344 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIM2P55344 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIM2P55344 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIM2P55344 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIM2P55344 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIM2P55344 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIM2P55344 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIM2P55344 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIM2P55344 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIM2P55344 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIM2P55344 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIM2P55344 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIM2P55344 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIM2P55344 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
LIM2P55344 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIM2P55344 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIM2P55344 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIM2P55344 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIM2P55344 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIM2P55344 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIM2P55344 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIM2P55344 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIM2P55344 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIM2P55344 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIM2P55344 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIM2P55344 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIM2P55344 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIM2P55344 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIM2P55344 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIM2P55344 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIM2P55344 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIM2P55344 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIM2P55344 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIM2P55344 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
LIM2P55344 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIM2P55344 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIM2P55344 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
LIM2P55344 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIM2P55344 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIM2P55344 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIM2P55344 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIM2P55344 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIM2P55344 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIM2P55344 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIM2P55344 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIM2P55344 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIM2P55344 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIM2P55344 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIM2P55344 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIM2P55344 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIM2P55344 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIM2P55344 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIM2P55344 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIM2P55344 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIM2P55344 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIM2P55344 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIM2P55344 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIM2P55344 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIM2P55344 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIM2P55344 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIM2P55344 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIM2P55344 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIM2P55344 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIM2P55344 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIM2P55344 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIM2P55344 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIM2P55344 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIM2P55344 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
LIM2P55344 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIM2P55344 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIM2P55344 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIM2P55344 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIM2P55344 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIM2P55344 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIM2P55344 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIM2P55344 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
LIM2P55344 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIM2P55344 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
LIM2P55344 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIM2P55344 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIM2P55344 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIM2P55344 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIM2P55344 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIM2P55344 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIM2P55344 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIM2P55344 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIM2P55344 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIM2P55344 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIM2P55344 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
LIM2P55344 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIM2P55344 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIM2P55344 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIM2P55344 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
LIM2P55344 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIM2P55344 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
LIM2P55344 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIM2P55344 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIM2P55344 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms