Protein–RNA interactions for Protein: P50479

PDLIM4, PDZ and LIM domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM4P50479 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PDLIM4P50479 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PDLIM4P50479 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PDLIM4P50479 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PDLIM4P50479 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PDLIM4P50479 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms