Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSX2P35548 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSX2P35548 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
MSX2P35548 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSX2P35548 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
MSX2P35548 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSX2P35548 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
MSX2P35548 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MSX2P35548 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
MSX2P35548 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
MSX2P35548 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX2P35548 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX2P35548 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX2P35548 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX2P35548 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX2P35548 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX2P35548 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MSX2P35548 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
MSX2P35548 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
MSX2P35548 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
MSX2P35548 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MSX2P35548 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MSX2P35548 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
MSX2P35548 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSX2P35548 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSX2P35548 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
MSX2P35548 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSX2P35548 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
MSX2P35548 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSX2P35548 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSX2P35548 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSX2P35548 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MSX2P35548 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSX2P35548 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSX2P35548 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSX2P35548 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSX2P35548 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MSX2P35548 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX2P35548 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX2P35548 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX2P35548 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX2P35548 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX2P35548 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MSX2P35548 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX2P35548 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX2P35548 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX2P35548 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX2P35548 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX2P35548 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MSX2P35548 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSX2P35548 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSX2P35548 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSX2P35548 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
MSX2P35548 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
MSX2P35548 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSX2P35548 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSX2P35548 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
MSX2P35548 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSX2P35548 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSX2P35548 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSX2P35548 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
MSX2P35548 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
MSX2P35548 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
MSX2P35548 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSX2P35548 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSX2P35548 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSX2P35548 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSX2P35548 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSX2P35548 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSX2P35548 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSX2P35548 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
MSX2P35548 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSX2P35548 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSX2P35548 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSX2P35548 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
MSX2P35548 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
MSX2P35548 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSX2P35548 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
MSX2P35548 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
MSX2P35548 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSX2P35548 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
MSX2P35548 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
MSX2P35548 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
MSX2P35548 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
MSX2P35548 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
MSX2P35548 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSX2P35548 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSX2P35548 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSX2P35548 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSX2P35548 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
MSX2P35548 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSX2P35548 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSX2P35548 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
MSX2P35548 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSX2P35548 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSX2P35548 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
MSX2P35548 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSX2P35548 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSX2P35548 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
MSX2P35548 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms