Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC34.67■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC34.67■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC34.66■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC34.59■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.13
COL5A3P25940 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC34.57■■■■□ 3.12
COL5A3P25940 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.12
COL5A3P25940 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
COL5A3P25940 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
COL5A3P25940 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC34.51■■■■□ 3.12
COL5A3P25940 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC34.47■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC34.47■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC34.47■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC34.47■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
COL5A3P25940 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC34.42■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.41■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL5A3P25940 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
COL5A3P25940 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC34.28■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL5A3P25940 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL5A3P25940 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL5A3P25940 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
COL5A3P25940 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
COL5A3P25940 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
COL5A3P25940 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
COL5A3P25940 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL5A3P25940 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC34.16■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
COL5A3P25940 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms