Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A1P20908 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL5A1P20908 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A1P20908 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A1P20908 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL5A1P20908 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms