Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
VCANP13611 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VCANP13611 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
VCANP13611 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
VCANP13611 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
VCANP13611 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
VCANP13611 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
VCANP13611 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VCANP13611 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
VCANP13611 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
VCANP13611 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VCANP13611 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
VCANP13611 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VCANP13611 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
VCANP13611 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VCANP13611 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VCANP13611 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
VCANP13611 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.16
VCANP13611 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VCANP13611 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
VCANP13611 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VCANP13611 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VCANP13611 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VCANP13611 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
VCANP13611 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
VCANP13611 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
VCANP13611 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VCANP13611 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VCANP13611 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
VCANP13611 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
VCANP13611 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
VCANP13611 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
VCANP13611 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VCANP13611 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
VCANP13611 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
VCANP13611 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
VCANP13611 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VCANP13611 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
VCANP13611 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VCANP13611 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
VCANP13611 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VCANP13611 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
VCANP13611 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VCANP13611 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VCANP13611 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VCANP13611 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VCANP13611 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VCANP13611 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
VCANP13611 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VCANP13611 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCANP13611 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VCANP13611 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VCANP13611 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VCANP13611 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VCANP13611 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VCANP13611 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VCANP13611 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
VCANP13611 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VCANP13611 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VCANP13611 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VCANP13611 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VCANP13611 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VCANP13611 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VCANP13611 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VCANP13611 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VCANP13611 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VCANP13611 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VCANP13611 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
VCANP13611 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
VCANP13611 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCANP13611 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCANP13611 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCANP13611 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VCANP13611 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VCANP13611 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VCANP13611 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VCANP13611 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VCANP13611 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.3 ms