Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
COL6A1P12109 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC30.25■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
COL6A1P12109 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
COL6A1P12109 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
COL6A1P12109 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
COL6A1P12109 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL6A1P12109 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL6A1P12109 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL6A1P12109 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL6A1P12109 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC30.08■■■□□ 2.41
COL6A1P12109 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL6A1P12109 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A1P12109 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC29.94■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
COL6A1P12109 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
COL6A1P12109 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
COL6A1P12109 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms