Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LDLRP01130 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LDLRP01130 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LDLRP01130 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LDLRP01130 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LDLRP01130 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LDLRP01130 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LDLRP01130 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LDLRP01130 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
LDLRP01130 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
LDLRP01130 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.45■■□□□ 1.67
LDLRP01130 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
LDLRP01130 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LDLRP01130 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LDLRP01130 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LDLRP01130 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LDLRP01130 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LDLRP01130 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LDLRP01130 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LDLRP01130 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LDLRP01130 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LDLRP01130 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LDLRP01130 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LDLRP01130 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LDLRP01130 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LDLRP01130 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LDLRP01130 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LDLRP01130 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LDLRP01130 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
LDLRP01130 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
LDLRP01130 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LDLRP01130 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LDLRP01130 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LDLRP01130 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LDLRP01130 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LDLRP01130 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LDLRP01130 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LDLRP01130 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LDLRP01130 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LDLRP01130 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LDLRP01130 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LDLRP01130 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
LDLRP01130 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LDLRP01130 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LDLRP01130 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LDLRP01130 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LDLRP01130 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LDLRP01130 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LDLRP01130 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LDLRP01130 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LDLRP01130 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LDLRP01130 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LDLRP01130 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LDLRP01130 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LDLRP01130 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LDLRP01130 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
LDLRP01130 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LDLRP01130 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
LDLRP01130 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LDLRP01130 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LDLRP01130 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LDLRP01130 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDLRP01130 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDLRP01130 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDLRP01130 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LDLRP01130 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LDLRP01130 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
LDLRP01130 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LDLRP01130 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LDLRP01130 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
LDLRP01130 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
LDLRP01130 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LDLRP01130 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LDLRP01130 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LDLRP01130 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LDLRP01130 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LDLRP01130 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LDLRP01130 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LDLRP01130 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LDLRP01130 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LDLRP01130 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LDLRP01130 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LDLRP01130 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LDLRP01130 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LDLRP01130 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LDLRP01130 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LDLRP01130 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LDLRP01130 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LDLRP01130 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LDLRP01130 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LDLRP01130 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LDLRP01130 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LDLRP01130 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LDLRP01130 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
LDLRP01130 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LDLRP01130 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LDLRP01130 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LDLRP01130 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LDLRP01130 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LDLRP01130 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms