Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC33.85■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP1O15259 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
NPHP1O15259 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC33.82■■■■□ 3
NPHP1O15259 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.81■■■■□ 3
NPHP1O15259 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.81■■■■□ 3
NPHP1O15259 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.81■■■■□ 3
NPHP1O15259 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP1O15259 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP1O15259 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP1O15259 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP1O15259 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP1O15259 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP1O15259 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
NPHP1O15259 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
NPHP1O15259 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.77■■■■□ 3
NPHP1O15259 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.71■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.99
NPHP1O15259 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.66■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
NPHP1O15259 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC33.6■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
NPHP1O15259 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP1O15259 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP1O15259 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP1O15259 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP1O15259 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC33.54■■■□□ 2.96
NPHP1O15259 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP1O15259 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP1O15259 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
NPHP1O15259 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
NPHP1O15259 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms