Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms