Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.1 ms