Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRERF1Q96PN7 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms