Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC54Q8NEL0 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms