Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC87Q9NVE4 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms