Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP28Q96RU2 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.1 ms