Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
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USP49Q70CQ1 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
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