Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms