Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms