Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM56Q9BRZ2 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM56Q9BRZ2 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM56Q9BRZ2 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM56Q9BRZ2 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM56Q9BRZ2 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM56Q9BRZ2 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms