Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC112Q8NEF3 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms