Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
MSH5O43196 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 SMIM11A-201ENST00000399292 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSH5O43196 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 AC010967.1-201ENST00000421575 489 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
MSH5O43196 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MSH5O43196 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
MSH5O43196 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
MSH5O43196 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
MSH5O43196 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MSH5O43196 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MSH5O43196 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSH5O43196 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 AL160408.1-203ENST00000453568 631 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 AC097110.1-201ENST00000507344 768 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MSH5O43196 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms