Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
EXOSC4Q9NPD3 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms