Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP28Q96RU2 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms