Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC112Q8NEF3 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms