Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
COL4A3Q01955 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms