Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USH1CQ9Y6N9 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms