Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC87Q9NVE4 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms