Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC42Q96M95 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC42Q96M95 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.8 ms