Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.03
HDDC3Q8N4P3 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HDDC3Q8N4P3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
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