Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CUX1P39880 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CUX1P39880 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC36.35■■■■□ 3.41
CUX1P39880 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CUX1P39880 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CUX1P39880 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CUX1P39880 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CUX1P39880 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CUX1P39880 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.41
CUX1P39880 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CUX1P39880 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.32■■■■□ 3.4
CUX1P39880 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.4
CUX1P39880 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CUX1P39880 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CUX1P39880 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CUX1P39880 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CUX1P39880 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CUX1P39880 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CUX1P39880 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CUX1P39880 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
CUX1P39880 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CUX1P39880 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CUX1P39880 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC36.28■■■■□ 3.4
CUX1P39880 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CUX1P39880 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC36.28■■■■□ 3.4
CUX1P39880 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
CUX1P39880 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
CUX1P39880 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
CUX1P39880 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
CUX1P39880 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC36.27■■■■□ 3.4
CUX1P39880 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CUX1P39880 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
CUX1P39880 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.39
CUX1P39880 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CUX1P39880 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms