Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A3P12111 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A3P12111 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms