Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
HOXD4P09016 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD4P09016 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms