Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms