Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms