Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
DKK3Q9UBP4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
DKK3Q9UBP4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
DKK3Q9UBP4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
DKK3Q9UBP4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
DKK3Q9UBP4 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms