Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPUSD4Q96CM3 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms