Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
CCDC54Q8NEL0 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms