Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRERF1Q96PN7 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms