Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SNHG28P0DPA3 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SNHG28P0DPA3 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.3 ms