Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
IFT88Q13099 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
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IFT88Q13099 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
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