Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
ATG4BQ9Y4P1 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
ATG4BQ9Y4P1 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
ATG4BQ9Y4P1 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
ATG4BQ9Y4P1 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
ATG4BQ9Y4P1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
ATG4BQ9Y4P1 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
ATG4BQ9Y4P1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
ATG4BQ9Y4P1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
ATG4BQ9Y4P1 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
ATG4BQ9Y4P1 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
ATG4BQ9Y4P1 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
ATG4BQ9Y4P1 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms