Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
ATG3Q9NT62 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.57■■■■□ 3.29
ATG3Q9NT62 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC35.57■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC35.57■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC35.56■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC35.54■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
ATG3Q9NT62 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC35.5■■■■□ 3.27
ATG3Q9NT62 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
ATG3Q9NT62 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC35.49■■■■□ 3.27
ATG3Q9NT62 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
ATG3Q9NT62 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
ATG3Q9NT62 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
ATG3Q9NT62 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC35.43■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC35.39■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
ATG3Q9NT62 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC35.37■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC35.37■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC35.36■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC35.35■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC35.34■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
ATG3Q9NT62 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC35.3■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC35.29■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.28■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
ATG3Q9NT62 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC35.2■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC35.2■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
ATG3Q9NT62 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
ATG3Q9NT62 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
ATG3Q9NT62 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
ATG3Q9NT62 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
ATG3Q9NT62 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC35.14■■■■□ 3.22
ATG3Q9NT62 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC35.12■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC35.12■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
ATG3Q9NT62 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC35.07■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC35.05■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC35.04■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC35.02■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC35.01■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC35.01■■■■□ 3.2
ATG3Q9NT62 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.01■■■■□ 3.19
ATG3Q9NT62 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.01■■■■□ 3.19
ATG3Q9NT62 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms