Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCX3AQ9NNX9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCX3AQ9NNX9 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VCX3AQ9NNX9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VCX3AQ9NNX9 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VCX3AQ9NNX9 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VCX3AQ9NNX9 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VCX3AQ9NNX9 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms