Protein–RNA interactions for Protein: Q9H239

MMP28, Matrix metalloproteinase-28, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP28Q9H239 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
MMP28Q9H239 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
MMP28Q9H239 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
MMP28Q9H239 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MMP28Q9H239 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
MMP28Q9H239 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
MMP28Q9H239 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
MMP28Q9H239 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms