Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL4

USP43, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 43, humanhuman

Predictions only

Length 1,123 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP43Q70EL4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP43Q70EL4 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP43Q70EL4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP43Q70EL4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP43Q70EL4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP43Q70EL4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP43Q70EL4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP43Q70EL4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP43Q70EL4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP43Q70EL4 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP43Q70EL4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP43Q70EL4 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
USP43Q70EL4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms