Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HDAC4P56524 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HDAC4P56524 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
HDAC4P56524 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HDAC4P56524 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
HDAC4P56524 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
HDAC4P56524 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HDAC4P56524 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HDAC4P56524 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
HDAC4P56524 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
HDAC4P56524 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
HDAC4P56524 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
HDAC4P56524 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
HDAC4P56524 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms